Armady dzielono na eskadry, w myśl podziału wojsk lądowych: pierwsza straż, oddział główny i straż tylna. Każda eskadra miała swego komendanta. Komendant pierwszej eskadry nazywany był admirałem, nosił banderę na wielkim maszcie i był dowódcą całej formacji. Drugi to wiceadmirał, nosił banderę na przednim maszcie, trzeci kontradmirał z banderą na tylnym maszcie. Każda z eskadr miała swój własny kolor, co nie było bez znaczenia w czasie walki na morzu. W momencie starcia eskadra admiralska obejmuje środek linii.

W trakcie walki na morzu w tym okresie bardzo ważna była kwestia wiatru. O ile była taka możliwość starano się uzyskać pozycję, która gwarantowała tak zwany wiatr w plecy. Idąc z wiatrem, flota atakująca uzyskiwała z miejsca przewagę, chociażby poprzez szybkość i sprawność ataku większą, niż armada idąca pod wiatr. Dodatkowo - na korzyść atakujących w takiej sytuacji było to, iż byli wolni od dymu, kiedy wróg dusił się w oparach prochowych jednostek uderzających. Oczywiście, wojska stojące pod wiatr, miały również swoje plusy: zasłonięte od wiatru przez okręty atakujące - mogły bez przeszkód używać dolnych baterii - podczas, gdy atakującym groziło to zalaniem okrętu w wyniku przechyłów, spowodowanych wiatrem w plecy. Po drugie, wojsko stojące pod wiatr, mogło szybciej ratować uszkodzone okręty, co dużo trudniej przychodziło okrętom idącym z wiatrem, które w momencie uszkodzenia dryfowały pod ogień przeciwnika. Jeżeli chodzi o szyk wtrakcie bitwy i jedna, i druga strona zachowywała kordel odległości między okrętami, to znaczy 100 sążni, w celu zabezpieczenia okrętów przed spadającymi masztami sąsiednich jednostek. Doprowadzając do walki - dbano o to, by flota - o ile to było możliwe, trzymała się po stronie otwartego morza, spychając nieprzyjaciela w stronę brzegu, by tracił on swój impet i chęć do prowadzenia walki.

Aby armada zachowała szyk w trakcie walki, wymyślono systemy znaków. Osobne były dla całej eskadry, osobne dla jednego okrętu, osobne w trakcie walki i w czasie marszu. Znaki dawano za pomocą bandery, proporca, żagla, wystrzału, ognia, bębna i dzwonu. Każdy oficer na statku zobowiązany był znać się na tego typu znakach i oznaczeniach, specyficznych dla danej armady lub taż samego okrętu. Znaki i oznaczenia tego typu zawarto i usystematyzowano w "Księdze musztry morskiej" w 1697 roku. Poniżej podaję przykłady zastosowania tego typu znaczników:

• ścigać nieprzyjaciela - bandera na maszcie przednim: biała i niebieska,
• gonić okręty do rozproszenia - bandera czerwona i niebieska,
• abordaże - bandera biała z pręgami czerwonymi,
• wyminąć nieprzyjaciela - bandera biała z pręgami niebieskimi,
• gotować brandery - bandera czerwona z pręgami białymi
• wysyłać brandery na nieprzyjaciela - bandera czerwona z pręgami niebieskimi,
• rozpoczęcie bitwy - trzy szybkie wystrzały z działa,
• kończyć bitwę - admirał spuszcza swoją banderę i chorągiew,
• zakończenie pościgu - admirał spuszcza banderę z jednoczesnym wystrzałem z działa.

Znaki te stawały się bardzo przydatne tuż przed samą bitwą - w celu rozstawienia szyku i linii w gotowości do walki. Oczywiście, wcześniej - przed bitwą, na tak zwanej odprawie, wydawano poszczególnym kapitanom osobne rozkazy, jaki to kurs ma obrać okręt lub też komu ma przyjść z pomocą. Podawano wtedy również kapitanom opis i dokładny obraz stosowanej formacji i taktyki w zbliżającej się bitwie, tak by poznali oni swe obowiązki i nie dopuszczali do rozpraszania się okrętów. Ustalano wtedy również kary na tych, którzy samowolnie opuściliby swoje stanowisko. Nie trzeba dodawać, że zwykły marynarz za niewykonanie rozkazu dawał gardło.

W przygotowaniu do walki bezpośredniej, szyklowano osłony na burtach z materacy i zasłon drewnianych do ochrony przed kulami nieprzyjaciela, jak również posypywano pokłady popiołem i piaskiem, by w trakcie walki nie były zbyt śliskie. Podczas potyczki - kapitan okrętu stał na najwyższym piętrze okrętu na rufie, dla wydawania rozkazów, wicekapitan na dziobie, porucznicy zaś i chorążowie - na poszczególnych odcinkach, przydzielonych przez kapitana. Żołnierzy przydzielano do dział i ustawiano na pokładzie według specjalnego porządku, ustanowionego przez kapitana jednostki. Na każde działo przypadało od 7 do 11 ludzi, w zależności od kalibru. W trakcie walki pojawiała się jeszcze jedna wydzielona grupa, tak zwani flisi - jednostki pomocnicze, które na okręcie zajmowały się kwestią masztów i żagli oraz sprawami ewentualnych pożarów i donoszenia amunicji. Cieśle i utykacze dziur mieli swoje stanowiska na najniższych piętrach okrętu, ich zadaniem było naprawianie szkód, mogących zatopić okręt. Dziury zatykano kręgami łoju z tłuczonym węglem, a następnie obijano od zewnątrz blachą ołowianą, z reguły pod ostrzałem wroga.

Piechota morska, uzbrojona w standardową broń ofensywną, często posiadała na wyposażeniu również bosaki i topory, na wypadek połączenia jednostek. Od oddziałów lądowych wyróżniała się mocniejszym uzbrojeniem ochronnym, typu szerokie, masywne tarcze lub inne osłony oraz - co podkreśla się bardzo w źródłach - w nagolenniki i karwasze. W momencie rozpoczęcia walki ustawiano ich przy burtach zwróconych w kierunku wroga, pod dowództwem wydzielonych do tych zadań poruczników. W przypadku abordażu - obowiązkiem porucznika było nie tylko poderwanie ludzi do ataku, ale również to, by pierwszemu wedrzeć się na pokład wrogiej jednostki. Strzelców ustawiano na najwyższym pokładzie, z oczywistych powodów.

W zależności od sytuacji, w trakcie walki używano dwóch zasadniczych szyków bojowych, półksiężyca bądź linii. Oba szyki zakładały, że w środku znajdować się będzie eskadra admiralska z okrętem flagowym, dwie pozostałe eskadry po obu bokach, zaś okręty pomocnicze z tyłu linii. Brandery - w zależności od rozwoju wydarzeń, znajdowały się z przodu linii - o ile flota szła z wiatrem i z tyłu - o ile uderzała pod wiatr, by w razie kłopotów zabezpieczyć odwrót.

Po tych wszystkich przygotowaniach, pozostawało wydać jedynie rozkaz ataku. Im dłużej trwała jednak walka, tym szyk miał mniejsze znaczenie, decydowała siła ognia i umiejętności załogi, zwłaszcza, gdy nad morzem zalegała prochowa mgła. Niezaprzeczalnym faktem jest również to, że w trakcie pojedynków, w które z czasem przeradzała się taka bitwa morska, ten - kto pierwszy uderzył ze wszystkich swoich dział, praktycznie wygrywał takie starcie.